Evolution concernant les congés pour raisons de santé et le temps partiel thérapeutique

31 juillet 2026

Est paru au JO du 31 juillet le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 relatif aux congés pour raisons de santé des agents publics civils et militaires.

 

Ce décret concerne les agents des trois versants de la fonction publique. Il prévoit la reprise des mesures applicables aux salariés en arrêt pour raisons médicales : utilisation du certificat d’arrêt de travail sécurisé, plafonnement de la durée des arrêts, obligations des agents en arrêt et modalités de contrôle. Le décret prévoit également une évolution de la procédure afférente au temps partiel thérapeutique.

 

Voici les apports pour les agents (fonctionnaires et contractuels) territoriaux.

 

CONGÉS DE MALADIE

 

Pour les fonctionnaires, le décret du 29 juillet 2026 modifie le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l’organisation des conseils médicaux, aux conditions d’aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux.

 

  • Pour obtenir un congé de maladie ou son renouvellement, l’agent adresse à l’autorité territoriale dont il relève, dans un délai de 48h suivant son établissement, un avis d’interruption de travail.

Désormais, un arrêt de travail pourra être accordé lorsque l’agent produira le formulaire Cerfa sécurisé que chaque prescripteur doit dorénavant établir. La durée des arrêts est plafonnée : 31 jours pour une première prescription et 62 jours pour une prolongation. En cas de prolongation de l’avis initial d’arrêt de travail, la rémunération n’est maintenue que si la prolongation est prescrite dans le respect des dispositions de l’article L. 162-4-4 du Code de la sécurité sociale. Cet avis peut être dématérialisé.

(Article 15 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Le titre VI du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 ne s’intitule plus « Dispositions communes aux congés de longue maladie et aux congés de longue durée » mais « Dispositions communes aux congés de maladie ».

 

  • Jusqu’à présent, un CLM ou un CLD pouvait être accordé par période de 3 à 6 mois.

Désormais, le CLM ou le CLD peut être accordé ou renouvelé, dans la limite de 6 mois, sur présentation d’un avis médical.

(Article 26 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Jusqu’à présent, il était prévu que lorsque l’agent, qui bénéficie d’un CLM ou d’un CLD, a épuisé ses droits à rémunération à plein traitement, l’autorité territoriale saisissait pour avis le conseil médical de la demande de renouvellement du congé.

Désormais, cette disposition a été supprimée. En complément, le cas de saisine du conseil médical prévu à l’article 5 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 « 2° Le renouvellement d’un congé de longue maladie ou d’un congé de longue durée après épuisement des droits à rémunération à plein traitement » a été abrogé.

(Articles 5 et 26 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Désormais, l’autorité territoriale peut faire procéder au contrôle administratif de l’arrêt de travail du fonctionnaire placé en CMO, CLM ou CLD par toute personne dûment habilitée à cet effet. Ce contrôle porte sur la présence du fonctionnaire à son domicile, ou à son lieu de repos s’il est différent, lorsque les sorties ne sont pas autorisées ou durant les heures de présence obligatoire déterminées. L’absence injustifiée du fonctionnaire ou le refus du contrôle entraine l’interruption du versement de sa rémunération jusqu’à la date de fin de cet arrêt. Le temps pendant lequel le versement de la rémunération a été interrompu compte dans la période de congé en cours.

Cette disposition s’applique également au fonctionnaire placé en CITIS.

(Ajout de l’article 26-1 et de l’article 37-9-1 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Jusqu’à présent, le bénéficiaire d’un CLM ou d’un CLD devait cesser toute activité rémunérée à l’exception des activités ordonnées et contrôlées médicalement par le médecin du travail au titre de la réadaptation et des activités mentionnées à l’article L. 123-2 du Code général de la fonction publique.

Désormais, cette disposition s’applique également aux congés de maladie.

Cette disposition s’applique également au fonctionnaire placé en CITIS. En conséquence, l’article 37-15 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 est abrogé.

(Article 28 et ajout de l’article 37-9-1 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Désormais, au cours de toute interruption de travail pour raison de santé dépassant 30 jours, le médecin agréé, en lien avec le médecin traitant, peut solliciter le médecin du travail, pour préparer et étudier, le cas échéant, les conditions et les modalités de la reprise du travail ou envisager des actions de formation. Le fonctionnaire est assisté durant cette phase par une personne de son choix.

(Ajout de l’article 31-1 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Désormais, sous réserve d’avoir obtenu l’avis favorable du médecin agréé, le fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, d’un CLM ou d’un CLD peut demander à réaliser ou poursuivre une action de formation ou un bilan de compétence afin de favoriser sa réadaptation ou sa reconversion professionnelle. L’autorité territoriale se prononce sur cette demande dans un délai de 30 jours.

Cette disposition s’applique également au fonctionnaire placé en CITIS.

(Ajout de l’article 31-2 et de l’article 37-9-1 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Désormais, l’examen médical du fonctionnaire bénéficiant d’un CMO, d’un CLM ou d’un CLD peut être effectué à distance, au moyen d’un dispositif utilisant les technologies de l’information et de la communication.

Cette disposition s’applique également au fonctionnaire placé en CITIS.

(Ajout de l’article 34-1 et de l’article 37-9-1 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Jusqu’à présent, concernant la demande de CITIS, la déclaration devait comporter un certificat médical indiquant la nature et le siège des lésions résultant de l’accident ou de la maladie ainsi que, le cas échéant, la durée probable de l’incapacité de travail en découlant.

Désormais, la déclaration doit comporter d’un certificat médical indiquant la nature et le siège des lésions résultant de l’accident ou de la maladie. Lorsque l’accident de service, l’accident de trajet ou la maladie professionnelle entraîne une incapacité temporaire de travail, ce certificat est accompagné de l’avis d’arrêt de travail établi selon les modalités prévues à l’article R. 321-2 du code de la sécurité sociale.

(Article 37-2 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

Pour les agents contractuels, le décret du 29 juillet 2026 modifie le décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale.

Les dispositions du décret n° 88-145 du 15 février 1988 renvoient alors à celles du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 applicable aux fonctionnaires : modalités de présentation du certificat médical (dans les conditions fixées par le deuxième alinéa de l’article 15) ; conditions d’octroi ou de renouvellement d’un congé de grave maladie (dans les conditions fixées par le premier alinéa de l’article 26) ; application des articles 26-1, 31-1, 31-2 et 34-1 aux agents contractuels bénéficiant de l’un des congés prévus aux articles 12, 13 et 14 du décret de 1988 ; modification de l’article 12 du décret de 1988 (pour les congés de maladie, de grave maladie ou d’accident du travail et de maladie professionnelle, un contrôle du médecin agréé peut être effectué à tout moment. L’agent contractuel se soumet à ce contrôle sous peine d’interruption du versement de sa rémunération).

 

L’ensemble de ces dispositions s’appliquent aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er septembre 2026, sauf :

  • Les mesures relatives au déploiement du télécontrôle (article 34-1) entrent en vigueur le 1er août 2026.
  • Les mesures relatives à la visite de reprise (article 31-1) s’appliquent aux congés pour raisons de santé débutant ou prolongés à compter du 1er janvier 2028.

 

TEMPS PARTIEL THERAPEUTIQUE

Le décret du 29 juillet 2026 modifie la procédure. En revanche, les conditions d’accès au TPT, les quotités de travail, la durée, les règles de rémunération et de rechargement des droits n’ont pas évolué.

 

Pour les fonctionnaires, le décret du 29 juillet 2026 modifie le décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 relatif à l’organisation des conseils médicaux, aux conditions d’aptitude physique et au régime des congés de maladie des fonctionnaires territoriaux.

 

  • Jusqu’à présent, l’autorisation d’accomplir un service à TPT était accordée et, le cas échéant, renouvelée par période d’un à trois mois dans la limite d’une année. L’autorisation prenait effet à la date de la réception de la demande par l’autorité territoriale.

Désormais :

⇒ Lorsque la demande d’autorisation de servir à TPT est présentée à l’issue d’une période de CLM, CLD, CITIS ou après une DORS la décision de l’autorité territoriale intervient au plus tard au jour de la reprise. Il en va de même en cas de renouvellement de l’autorisation.
Dans les autres cas, la décision de l’autorité territoriale intervient au plus tard 30 jours à compter de la date de la réception de la demande.

⇒ L’autorité territoriale peut faire procéder, dès réception de la demande d’autorisation, à l’examen du fonctionnaire intéressé par un médecin agréé. L’absence injustifiée du fonctionnaire à cet examen vaut désistement de sa demande.

⇒ L’autorisation de servir à TPT est accordée dans la limite d’une année.

⇒ Le refus opposé à une demande initiale ou de renouvellement d’autorisation ou l’interruption de cette autorisation à l’initiative de l’autorité territoriale est motivé. Lorsque ce refus ou cette interruption est fondé sur un motif tiré des nécessités de la continuité et du fonctionnement du service, il est précédé d’un entretien avec le fonctionnaire intéressé qui peut se faire assister par une personne de son choix. Lorsque la décision de refus ou d’interruption de l’autorisation est fondée sur un motif médical, elle ne peut intervenir sans l’avis préalable du médecin agréé.

(Article 13-2 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Jusqu’à présent, le conseil médical compétent pouvait être saisi pour avis, soit par l’autorité territoriale, soit par l’agent, des conclusions du médecin agréé rendues dans le cadre d’un examen à tout moment ou de l’examen obligatoire pour une prolongation du temps partiel thérapeutique au-delà de 3 mois.

Désormais, les conclusions rendues par le médecin agréé (dans le cadre d’un examen à tout moment ou dans le cadre d’un refus du TPT fondé sur un motif médical) peuvent être contestées devant le conseil médical siégeant en formation restreinte par le fonctionnaire ou l’autorité territoriale. Dans le cas où le fonctionnaire bénéficie d’une autorisation de servir à TPT au moment de la saisine du conseil médical, cette autorisation est prolongée jusqu’à ce que le conseil médical ait rendu son avis.

(Article 13-5 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Suppression de l’examen obligatoire auprès du médecin agréé pour la prolongation de l’autorisation d’accomplir un service à TPT au-delà d’une période totale de 3 mois.

(Abrogation de l’article 13-4 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

  • Suppression du rejet par l’autorité territoriale de la demande de TPT ou de la demande de mettre un terme à la période de TPT après avis défavorable du conseil médical

(Abrogation de l’article 13-6 du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987)

 

Pour les agents contractuels, le décret du 29 juillet 2026 modifie le décret n°88-145 du 15 février 1988 relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale. Les dispositions du décret n° 88-145 du 15 février 1988 renvoient alors à celles du décret n° 87-602 du 30 juillet 1987 applicable au temps partiel thérapeutique des fonctionnaires.

 

Les nouvelles dispositions relatives au TPT s’appliquent aux autorisations de servir à TPT accordées ou prolongées à compter du 1er août 2026.